Иммуноцитохимическое окрашивание реснитчатых клеток используется в качестве дополнительного теста к ТЭМ и/или молекулярно-генетическому исследованию: 

1. Иммуноцитохимический метод исследования респираторного эпителия может выявить ПЦД в некоторых случаях у пациентов с нормальной ультраструктурой ресничек или мелкими ультраструктурными дефектами. 
2. Иммуноцитохимический метод окрашивания клеток респираторного эпителия может помочь установить диагноз ПЦД при дефектах наружных и внутренних динеиновых ручек, дезорганизации микротрубочек (мутации генов CCDC39/CCDC40), гены, кодирующие белки радиальных спиц (мутации генов RSPH1, RSPH3, RSPH4A, RSPH9), центральной пары микротрубочек (мутации гена HYDIN) и дефектах, связанных с нексином.

Метод иммуноцитохимического окрашивания маркерами к различным структурным белкам реснитчатого эпителия относительно дешевле и более прост в выполнении по сравнению с другими диагностическими методиками, однако, для того чтобы его можно было бы рекомендовать к использованию в широкой практике к настоящему времени недостаточно исследований по валидации данного метода в когортах пациентов с ПЦД и контрольных группах здоровых индивидуумов.

Метод иммунофлюоресценции для диагностики ПЦД находится на стадии внедрения в ФГБНУ «МГНЦ» имени академика Бочкова.